1870 ஆம் ஆண்டு ஜனவரித் திங்கள் 22 ஆம் நாள் சனிக்கிழமை ஹஸ்த நக்ஷத்திரம் கூடிய நல்ல நாளில் மரகதத்துக்குக் காமாட்சி தேவியின் அருள் பிரசாதமாக ஆண் மகவு பிறந்தது. குழந்தைக்கு சேஷாத்ரி எனப் பெயரிட்டு வளர்த்து வந்தார்கள். பராசக்தியின் அருளால் பிறந்த அந்தக் குழந்தை இயற்கையாகவே தெய்வ சிந்தனையோடும் இறை வழிபாட்டில் ஆர்வத்தோடும் காணப்பட்டது. தாயாரும் குழந்தைக்குப் பல ஸ்லோகங்களைச் சொல்லிக் கொடுத்தார். தாய் பாடுவதைக் கேட்டுக் கேட்டு மகனுக்கும் இசையில் ஆர்வம் மிகுந்தது. நான்காம் வயதிலேயே கிருஷ்ணாஷ்டகம், ராமாஷ்டகம், மூக பஞ்ச சதி, குரு ஸ்துதி, போன்றவற்றைக் கற்றுக் கொண்டு சொல்ல ஆரம்பித்தான். வரதராஜ ஜோசியருக்கோ தன் மகனின் புத்தி கூர்மையைக் கண்டும் வித்வத்தைக் கண்டும் ஆனந்தம் அதிகம் ஆனது. தன் சீடர்களுக்குப் பாடம் சொல்லிக் கொடுக்கையில் மகனையும் மடியில் இருத்திய வண்ணம் சொல்லிக் கொடுத்து வந்தார். ஆகவே நாளடைவில் குழந்தைக்கு அந்த வேதாந்தப் பாடங்களும் அத்துபடியாயின.
தந்தையோடு தினம் தினம் தியானத்தில் அமருவான். தாயாரோடு தினம் தினம் எல்லாக் கோயில்களுக்கும் போவான். ஒருநாள் தாயுடன் ஸ்ரீவரதராஜப் பெருமாள் கோயிலுக்குச் சென்றார் குழந்தை சேஷாத்ரி. அங்கே ஒருவர் வரப் போகும் திருவிழாவில் விற்பனை செய்ய வேண்டி ஒரு மூட்டை நிறைய பாலகிருஷ்ணனின் விக்ரஹங்களை எடுத்து வந்திருந்தார். அதைக் கண்ட சேஷாத்ரியாகிய குழந்தை தனக்கும் வைத்துக் கொண்டு விளையாட அந்த பாலகிருஷ்ணன் பொம்மை வேண்டும் எனத் தாயிடம் கெஞ்சிக் கேட்டது. ஆனால் தாயோ அதைக் காதிலேயே வாங்கிக்கொள்ளவில்லை. குழந்தையோ ஆசை மிகுந்து மேலும் மேலும் கெஞ்ச பொம்மை விற்பவர் குழந்தையின் அழகிலும் அது கெஞ்சும் விதம் பார்த்து மனம் கவரப்பட்டவராய்க் குழந்தைக்கு ஏதாவது செய்ய வேண்டும் என நினைத்தார். அந்தக் குழந்தையின் தாயைப் பார்த்து, “தாயே! உங்கள் குழந்தையே ஓர் கிருஷ்ண விக்ரஹம். நடமாடும் கிருஷ்ண விக்ரஹம். ஆனாலும் அது ஆசைப்பட்டு ஒரு விக்ரஹம் கேட்கிறது. நீ வாங்கித் தர வேண்டாம். நானே தருகிறேன். குழந்தையை ஒரு விக்ரஹத்தை எடுத்துக் கொள்ளச் சொல்!” என்று சொல்லிக் கொண்டே மூட்டையைப் பிரித்துக் குழந்தையைத் தன் கையாலேயே ஒரு விக்ரஹத்தை எடுத்துக்கொள்ளச் சொன்னார். குழந்தையும் மூட்டைக்குள் கையை விட்டு ஒரு பொம்மையை எடுத்துக் கொண்டது. மரகதம் எவ்வளவொ கெஞ்சியும் பொம்மை விற்பவர் அதற்குரிய காசை வாங்க மறுத்து விட்டார்.
ஆச்சரியவசமாக அவருக்கு அன்று மாலைக்குள்ளாக எல்லா பொம்மைகளும் விற்றுப் போக அவர் இது அத்தனையும் சேஷாத்ரியாகிய அந்தக் குழந்தையின் மஹிமையே என்பதைப் புரிந்து கொண்டார். மறுநாள் குழந்தையுடன் கோவிலுக்கு வந்த மரகதத்தைப் பார்த்துப் பரவசத்துடன் ஓடோடி வந்து சேஷாத்ரியின் தாயார் மரகதத்தின் கால்களில் விழுந்து வணங்கினார். மரகதத்துக்கு ஒன்றுமே புரியவில்லை. வியாபாரி அவளைப் பார்த்து அவள் குழந்தை சாதாரணக் குழந்தை அல்ல என்றும் அதிர்ஷ்டக் குழந்தை என்றும் கூறினார். மேலும் தான் கொண்டு வந்த பொம்மைகள் எல்லாம் விற்றுத் தீர்ந்து விட்டதாகவும் இது வரையில் எத்தனையோ திருவிழாக்களுக்குப் போயும் நூறு பொம்மைகளைக் கூட விற்க முடியாமல் திண்டாடி இருப்பதாகவும் சேஷாத்ரி மூட்டையில் கைவைத்த வேளை அமோகமான விற்பனை எனவும் கூறி விட்டுக் குழந்தைக்குத் தங்கக்கை என்று சொல்லிய வண்ணம் அந்தக் கைகளைத் தொட்டுக்கண்களில் ஒத்திக்கொண்டார். குழந்தைக்கு முத்தமாரி பொழிந்தார். அன்றிலிருந்து சேஷாத்ரிக்குத் “தங்கக்கை சேஷாத்ரி” என்னும் பெயர் ஏற்பட்டது. அந்தக்கிருஷ்ண விக்ரஹம் பின்னாட்களில் அவருடைய தம்பிகளிடம் இருந்ததாகவும் பின்னர் காஞ்சி ஸ்ரீபரமாசாரியாரிடம் சேர்ப்பிக்கப்பட்டதாகவும் அறிய வருகிறது.
சேஷாத்ரி ஸ்வாமிகளுக்கு ஐந்தாவது வயதில் வித்யாரம்பம் நடந்தது. தாத்தா ஸ்ரீகாமகோடி சாஸ்திரியாரும் ஸாரஸ்வத மஹாபீஜ மந்திரத்தை தர்ப்பையினால் பேரப்பிள்ளையின் நாவில் எழுதிப் பஞ்சாக்ஷரத்தையும், அஷ்டாக்ஷரத்தையும் கூடவே உபதேசித்தார். அம்பிகையின் இன்னருளால் பிறந்த தவப்புதல்வனாம் சேஷாத்ரியிடம் கலைமகள் கைகட்டிச் சேவகம் புரிந்தாள். வயதுக்கு மீறிய அறிவோடு அனைத்துப் பாடங்களையும் திறம்படக் கற்றார். கம்பராமாயணம், திருக்குறள், நன்னூல், நைடதம் அனைத்தையும் கற்றதோடு அன்னையிடம் முறைப்படி சங்கீதத்தையும் கற்றார். ஏழாம் வயதில் உபநயனம் செய்வித்தனர். தாத்தா காமகோடி சாஸ்திரிகள் காயத்ரி மந்திரத்தையும் அதன் மஹிமை குறித்தும் சந்த்யாவந்தனத்தின் அவசியம் குறித்தும் பேரப்பிள்ளையிடம் மனதில் பதியும்படி எடுத்துக் கூறினார். வேதபாடசாலையில் முறைப்படி சேர்த்து வேத அத்யயனமும் செய்வித்தார். தர்க்கம், வியாகரணம் அனைத்தையும் பயின்ற பின்னர் தனக்குத் தெரிந்த அத்யாத்ம வித்தையையும், மந்திர ரகசியங்களையும் பேரப்பிள்ளைக்குத் தெரிய வைத்தார். அனைத்தும் நன்றாகவே போய்க் கொண்டிருந்தன. ஒருநாள் வழக்கம்போலப் பாடசாலைக்குச் செல்லும் முன்னர் தந்தையை நமஸ்கரித்த சேஷாத்ரியைக் கட்டிக் கொண்டு தந்தை வரதராஜ ஜோசியர் கண்ணீர் உகுத்தார். அனைவருக்கும் தூக்கி வாரிப் போட்டது.